Caminin geleceğe güvenle taşınması için 2021 yılının kasım ayında Kültür ve Turizm Bakanlığı Vakıflar Genel Müdürlüğünce başlatılan restorasyon, yapının içinde ve dışında eş zamanlı yapılıyor.
Ana kubbe güçlendirme ve enjeksiyon çalışmaları ile avlu kubbelerinin kurşun kaplaması tamamlandı. Ana kubbe güçlendirmesinin tamamlanmasının ardından kurşun kaplama bitirildi.
Çalışmalarla çimentolu uygulamalar yapıdan uzaklaştırıldı, caminin ahşap pencere doğramaları tamamen yenilendi.
Mahfil katı zemininde kullanıldığı tespit edilen çimentolu şap, mekanik yöntemle sökülerek yapıdan uzaklaştırıldı ve orijinal zemin (küfeki) açığa çıkarıldı.
Caminin içinde yer alan 264 alçı içlikten, 1983 onarımında düz cam veya pleksiglas yapılanlar, yeniden paslanmaz çelik strüktürlü ve şişe dibi camlı olarak yenilendi. Tüm beyaz çimentolu dışlıklar ise suya dayanıklı alçı (anhidrit veya şeker alçı) ile paslanmaz teçhizatlı ve şişe dipli olarak değiştirildi.
Ana mekanın pencerelerindeki özgün ahşap kepenkler ile kapılar, özellikle alt eteklerinden kontrol edilerek çürüme, malzeme kaybı ve eksik parça onarımları yapıldı. Avludaki şadırvan onarıldı. Restorasyon sürecinde, zamana direnen yapının en çok yıpranan bölümlerinin minareler olduğu belirlendi.
Kalem gibi ince, bir dantel gibi süslü, 3 yollu olarak tasarlandığı için merdivenlerden çıkan 3 kişinin birbirini göremediği 3 şerefeli, alemi dahil 85 metre uzunluğunda dört minaredeki işlemler tamamlandı.
Taş onarımları ve temizlik çalışmaları yapılan minarelerdeki önemli bir işlem daha gerçekleştirildi. Minare külahının altında yer alan orijinal tek turkuaz çini çoğaltıldı ve çoğaltılan 64 çini yerlerine takıldı.